DTU Miljø indgår årligt 20-30 nye samarbejdskontrakter med offentlige institutioner (stat, amter og kommuner) eller private virksomheder, hvor projektet finansieres i fællesskab mellem institutionen/virksomheden og DTU. Der er altid tale om et forsknings- og udviklingsprojekt inden for et af DTU Miljø’s kerneområder.

Virksomheden og DTU Miljø oppebærer rettighederne til deres respektive bidrag til ny viden og har efterfølgende ret til at publicere resultaterne. Ved indgåelse af samarbejdsaftaler tager DTU Miljø normalt udgangspunkt i DTU’s Standard vilkår for samfinansieret forskningsvirksomhed.

DTU Miljø er interesseret i at indgå samarbejder med virksomheder om at udvikle licenser og patenter, f.eks. skabe tilstrækkelig dokumentation for tilsigtet funktion af produkter og processer.